一九九九年三月至二零零一年六月任省委副书记，湖北省政协主席，同时兼任省政法委书记。二零零三年元月至二零零八年任省人大常委会主任。杨永良是首任“湖北省委防范和处理邪教问题”即“六一零”组长。

杨永良在任职期间，积极操纵、策划、指挥、协调湖北省政法委和“六一零”系统，对全省法轮功学员实施绑架、关押、洗脑、酷刑折磨、非法劳教和判刑，致使无数法轮功学员被迫害致伤、致残和致死，以及精神失常，流离失所，家破人亡，并涉嫌参与活摘法轮功学员的器官。

杨永良多次在全省迫害法轮功的大会上发表讲话，强调深入迫害法轮功。

二零零一年五月十二日上午，杨永良还与省公安厅厅长陈训秋、武汉市市委副书记、市委政法委书记程康彦一起，陪同原中央政法委头子、迫害法轮功的元凶罗干到江岸区洗脑班、武汉市何湾劳教和武汉女子监狱等地，亲自指挥对法轮功学员的迫害。