二零零八年五月至二零一五年十二月，殷美根依次担任中共九江市委常委，市政府党组副书记、常务副市长、市委副书记，市政府党组书记、代市长、市长、九江市委书记。

二零一六年十一月至二零二零年三月，殷美根担任江西省委常委、南昌市委书记、赣江新区党工委书记。

其主政期间是江西省九江市法轮功学员被迫害比较严重的时期，发生了法轮功学员被迫害离世、被判刑、被劳教、被绑架到洗脑班、被抄家、被勒索、被骚扰等一系列迫害案例。以下是部份遭受迫害的案例：

王月兰，女，四十七岁，江西省九江市法轮功学员。曾被非法劳教四年半，在九江市劳教所遭折磨：几天几夜不让睡觉，双手抓住脚脖子不能动，长时间头顶着铁床管子等。在江西省省女子劳教所遭酷刑及药物摧残，导致高血压，经常发晕，浮肿。于二零一五年三月二十三日去世。

明慧网二零一五年十月三十日报道，江西省九江市都昌县胡火英在江西省女子监狱被延期迫害。江西省九江市都昌县法轮功学员胡火英被关江西省女子监狱迫害，本来二零一五年十月三日到期放人，后被拖到十月二十日后又说要十一月二十日，一拖再拖。

明慧网二零一五年十一月八日报道，江西法轮功学员严金梅、朱彩霞诉江遭骚扰。江西省九江市九江县永安村和永安派出所警察毛毅飞、张和庭、刘晓萌及妇女主任，二零一五年十月二十六日上午闯入法轮功学员朱彩霞的家，搜走一本神韵光盘，后来他们又闯到严金梅家，搜走了师父法像和以前的《明慧周刊》。十月二十八日晚上，永安村和永安派出所两名警察又闯入严金梅的家，质问东西哪来的，严金梅大声说：你们还敢来，把我师父法像还给我。

殷美根作为当地的主要领导官员，对上述迫害事件，负有不可推卸的责任。

二零零八年五月至二零一五年十二月，殷美根担任九江市中共党政主要负责人，期间当地法轮功学员遭到严重迫害。至少有法轮功学员：殷进美、单木芝被迫害致死；王月兰、陆振祥、何道珍被迫害含冤离世；王映、江小英被关押精神病院；吴冬莲、王全圣、纪淑君（河北籍）、谭美丽、田海英、李文红、吴若梅、孟正凤、周美丽被非法判刑；黎桂花、范路杰、钟祥维、桂白华、黄训贵、徐东玉、朱胜利被非法劳教；刘孝慈、张代娣等遭绑架。

二零一六年十一月至二零二零年三月，殷美根一直担任南昌市委书记。自二零一六年十一月二十八日起，南昌市许多七十岁以上的老年法轮功学员，在使用免费的老年乘车证刷卡乘坐公交车时，刷卡机显示乘车证无效。当这些老年法轮功学员到市公交公司办理乘车证的窗口询问缘由时，工作人员回答：你们去找南昌市委，言下之意是南昌市委直接下令，指使他们这样做的。坊间传闻，是南昌市委为了阻止老年法轮功学员乘坐免费公交车外出讲真相，而强行剥夺了这些老人免费乘坐公交车的合法权利。

二零一七年三月，南昌市的法轮功学员抱着善心，给殷美根邮寄了真相信“致南昌市委殷书记的一封信”，阐明这是一件剥夺老年法轮功学员免费乘坐公交车权利的违法违规事件，同时善劝殷美根能秉承正义之举，在工作中坚守良知，善待法轮大法和法轮功学员，尽早恢复南昌市老年法轮功学员免费刷卡乘坐公交车的正当权利。此外，还给殷美根的哥哥殷件根（居住在南昌市青山湖区罗家镇殿王村）寄送真相信，呼吁殷美根的家人明真相，劝告殷美根弃恶从善。

对于取消南昌市老年法轮功学员免费乘坐公交车而造成的一切恶果，殷美根负有直接领导责任。

在殷美根担任南昌市委书记三年多期间，对法轮功学员的迫害愈演愈烈，非法判刑越来越重，勒索罚款的数目越来越大，开除公职的法轮功学员越来越多，至少有法轮功学员：罗春荣、涂琳、熊美英、杨春秀、王凤英、严精华、刘永英、夏明金、温燕、解思红、胡火妹、陈雯、高银凤、胡蜜桃、曹根秀、陈玉莲十六位法轮功学员遭非法判刑；江兰英、张莉、邓桂英等多人遭非法刑拘；徐玉香、谢春媚等人遭非法治安拘留；万金莲、曹域成、刘海珍等人遭绑架；熊小玲、肖萍遭非法开除公职……